El Instituto Social de la Marina se estructura en dos niveles. En el ámbito central, la Dirección —de la que dependen las subdirecciones generales, la División de Administración y Análisis Presupuestario, la Intervención Delegada y el Servicio Jurídico Delegado— ejerce las funciones de planificación, dirección y control. El control y vigilancia de la gestión corresponde al Consejo General y su Comisión Ejecutiva, a nivel nacional, y a las Comisiones Ejecutivas Provinciales, en el ámbito territorial.